Benjamin,
En primer archivo parece que hay bastante distancia entre un punto y otro. A menos que sea un tramo completamente recto, conviene seguir la recomendacion de las instrucciones:
"Asegúrate de marcar puntos como mínimo cada 10 METROS para tener una aproximación bastante fiable al momento de incluir la data."Tambien es buena idea convertir los archivos a formato Mapsource:
http://www.gpsvisualizer.com/gpsbabel/gpsbabel_convertDe esta manera puedes juntar todos los track para enviar un solo archivo. Además sirve para comparar los track con lo que ya está en el Cenrut(para agregar lo que falte para que calce bien, etc).